Come suggerito dal titolo, il gioco si svolge in Persia. Il sultano è in guerra e lontano dal paese, dove il visir cattivo Jaffar complotta per salire al trono. Jaffar ha imprigionato la principessa, cui ha concesso un’ora per decidere tra il matrimonio con lui o la morte. Il giocatore assume il ruolo dell’eroe, il vero amore della principessa; deve scappare dalla prigione e liberarla entro l’ora, sconfiggendo il visir e diventando il Principe di Persia.

La difficoltà del gioco sta nel fatto che è giocato in tempo reale, quindi il giocatore deve completare l’avventura senza interruzioni entro un’ora. Su alcune piattaforme è però possibile salvare il gioco all’inizio di ogni livello, ma il limite di tempo non viene riaggiornato. L’unico modo per perdere il gioco è lasciare scadere il tempo. Se l’eroe è ucciso, infatti, il gioco ricomincia all’inizio del livello o ad un punto intermedio in alcuni livelli. Il gioco include anche una barra di energia. Questa diminuisce in seguito a piccole cadute, pozioni blu, colpi sulle piattaforme e da spade, mentre cadute più alte, un colpo quando si è disarmati, o cadute su spade che fuoriescono dal pavimento, uccidono l’eroe all’istante. È possibile però recuperare l’energia prendendo pozioni rosse, solitamente nascoste o poste in luoghi pericolosi. Oltre alle pozioni rosse e blu vi è quella verde, che fa volare in diversi modi il protagonista a seconda del livello.